پروژه‌ی شناسایی پروتئین‌ها در استنفورد

[August McJoseph]

​

چطور میشد که اگه شما هم میتونستید تا در ساخت یک دارو مشارکت داشته باشید و به روند پیشرفت علم و دانش در جهت بهبود زندگی کسانی که ممکنه یکروز نزدیکان خود شما باشند کمک میکردید؟

پروژه ای عظیم همکاری مردمی در کمک به تحقیقات مطالعاتی دانشمندان دانشگاه استنفورد توسط شما ​

دانشگاه استنفورد در جریان تحقیقات دانشمندان خودش بر روی بیماری هایی همچون آلزایمر ، هانتینگتون و بسیاری از سرطان ها برای کمک به سرعت روند پیشرفت تحقیقات در شبیه سازی های مدل های پروتئینی برای شناخت روند مونتاژ اون ها که اصتلاحا با عبارت فولد شناخته میشه و با توجه به اینکه اختلاتی که در این مسیر ها بوجود میاد[nb]میسفولد[/nb] در بوجود آمدن بسیاری از بیماری ها نقش داره و شناخت دقیق اون باعث کمک به ساخت داروها خواهد شد ، در نظر داره که از عموم مردم تقاضا کنه که که برای کمک تسریع روند این تحقیقات قدرت سی پی یو هاشون رو با اون ها شریک بشند.
این پروژه ی عمومی که هم اکنون در حال اجرا و با همکاری تاکنون 163,141 سیستم از کاربران معمولی در حال انجام هست؛ که با استفاده از شبکه شدن کامپیوتر های کاربران در سراسر جهان که میتونه باهم ایجاد قدرت ابر کامئیوتر هارو بکنه داره انجام میشه.
شما میتونید حتی فقط هنگامی که خواب هستید یا برای مدت زمان اندکی با دریافت یک نرم افزار کوچک به دانشگاه استنفورد و محققانش اجازه بدید تا با استفاده از بخشی از قدرت سخت افزاری شما در تحقیقاتشون در نهایت به نزدیکان یا حتی خود شما برای درمان بهتر بیماری ها کمک کنند.
برای اینکار کافیست بر روی اولین عکس این پست کلیک کنید یا با کلیک روی این لینک هم میتونید به صفحه ی رسمی این پروژه هدایت بشید، پیشنهاد میکنم که فیلم رو در ابتدا ببنید و اگه خوساتید میتونید اون رو به اشتراک بذارید و بعد مطالب رو برای درک بهتر از پروژه مطالعه کنید و در پایان با کلیک بر روی START FOLDING و انتخاب نوع سیستم عامل و دریافت نرم افزار مورد نظر به روند پیشرفت علم و دانش کمک کنید.
با کلیک بر تصویر پایین هم میتونید در ویکی راجبش بخونید.

ممنون.

شقایق:اسم تاپیک خیلی طولانی بود،ویرایشش کردم .

 

[sayna]

پاسخ : همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها در استنف

این همه پروژه‌ی بیوانفورماتیک توی سطح جهانی انجام شد، یا حتی پروژه‌های غیر زیستی. چه‌طور برای این پروژه‌ی خاص انقدر قدرت سی-پی-یو های مردم مهم شده؟ یعنی این چه فرقی با بقیه داره و برای کار به این بزرگی خب چرا بودجه‌ی بیشتر نمی‌ذارن؟ و آیا قبلا این کار برای پروژه‌های دیگه‌ای انجام شده؟

 

[August McJoseph]

همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها

این همه پروژه‌ی بیوانفورماتیک توی سطح جهانی انجام شد، یا حتی پروژه‌های غیر زیستی. چه‌طور برای این پروژه‌ی خاص انقدر قدرت سی-پی-یو های مردم مهم شده؟ یعنی این چه فرقی با بقیه داره و برای کار به این بزرگی خب چرا بودجه‌ی بیشتر نمی‌ذارن؟ و آیا قبلا این کار برای پروژه‌های دیگه‌ای انجام شده؟

قبلا هم قدرت سی پی یو مهم بوده، بخصوص تو بحث مدل سازی پروتئین ها از پلی پپتید ها و اینا معمولا ابر کامپیوتر ها چند روز زمان میذارن[nb]قطعا بستگی به نوعش داره و ...[/nb] تا این ها شبیه سازی کنن،
این پروژه هم شدیدا بخصوص به پروتئین ها و مدل سازی نیازمنده، من فکر نمیکنم قبلا هم انجام شده باشه و بنظرم بیشتر یه نو آوری بوده که برای کارآمد تر کردن تسریع روند تحقیقات انجام شده و واقعا طرح جالبی بنظر میرسه بجای اینکه فقط قدرت ابر کامئیوتر هارو با بودجه گرفتن افزایش بدن، در واقع کم خرج و کارا و خلاقانه هست این حرکت .
+الان یادم اومد که این کار سابقه داره البته به یه شکل دیگه اما سابقه داره ، اینکار تقریبا مشابه کاری هست که داره توی بیت-کوین انجام میشه، استفاده از قدرت سخت افزاری کاربران.
توی این پــــســـــت راجب بیت-کوین توضیح دادم و رفرنس دادم که چیه و اون پادکست آخری رو توی رفرنس ها اگر بگیرید و گوش کنید توضیح میده که چطور برای هش و اینا از سی پی یو کاربران استفاده میشه.
ویرایش جدید:

این همه پروژه‌ی بیوانفورماتیک توی سطح جهانی انجام شد، یا حتی پروژه‌های غیر زیستی. چه‌طور برای این پروژه‌ی خاص انقدر قدرت سی-پی-یو های مردم مهم شده؟ یعنی این چه فرقی با بقیه داره و برای کار به این بزرگی خب چرا بودجه‌ی بیشتر نمی‌ذارن؟ و آیا قبلا این کار برای پروژه‌های دیگه‌ای انجام شده؟

گویا پروژه مشابه وجود داره و توی پروژه یوانفورماتیک توی سطح جهانی اینکار جاهای دیگم انجام میشه. امروز به این برخوردم

Did you know you can help cure diseases, study global warming, discover pulsars, search for extraterrestrials, run particle acceleration simulations and help construct a 3-D map of the Milky Way (amongst MANY other things) without actively doing anything? Meet BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), an open source middleware system for volunteer and grid computing. The intent of BOINC is to make it possible for researchers in science, math, molecular biology, climatology and astrophysics to tap into the enormous processing power of personal computers around the world.

All you have to do is download the software at http://boinc.berkeley.edu/download.php

Your PC then gets a set of tasks from the project's scheduling server. The tasks depend on your PC: for example, the server won't give it tasks that requires more RAM than you have. Projects can support several applications, and the server may send you tasks from any of them. Your PC downloads executable and input files from the project's data server. If the project releases new versions of its applications, the executable files are downloaded automatically to your PC. Your PC runs the application programs, producing output files. Your PC uploads the output files to the data server. Later (up to several days later, depending on your preferences) your PC reports the completed tasks to the scheduling server, and gets new tasks. This cycle is repeated indefinitely. BOINC does this all automatically; you don't have to do anything.

To ensure that credit is granted fairly, most BOINC projects work as follows:

- Each task may be sent to two computers.
- When a computer reports a result, it claims a certain amount of credit, based on how much CPU time was used.
- When at least two results have been returned, the server compares them. If the results agree, then users are granted the smaller of the claimed credits.

You can also choose to participate in researching the subjects that mean the most to you. For more information on this incredible project that's largely ran by volunteers like YOU, Check out the official website at: http://boinc.berkeley.edu/

Make sure you pass this on to like-minded people.​

از :

http://www.facebook.com/AllScienceAllTheTime

___________________________________________________________________________________
ساخت یه ابر کامپیوتر تا جایی که من میدونم زمان بره ، مثلا دقیق یادم نیس اما توی پادکستی که حدود یه سال پیش بودش در مورد ساخت یه ابر کامپیوتر جدید توسط آی بی ام[nb]که اصن بحث آی بی ام که کلا کارشه و دانشگاهی که مطالعات ضمنی انجام میده و برای شبیه سازیش در روند تحقیقاتش مورد نیازش هست جداست[/nb] صحبت میکردن که قراره فکر میکنم 18 پتا فلاپ باشه، فکر میکنم سه سال پیشش شروع شده بود و قرار بود دو تا سه سال آینده کارش تموم بشه، اگه سرعت نخوایم که دیگه اصلا مشکلی نیست و حالا تو این پروژه:

Folding@home is one of the world's fastest computing systems, with a speed of approximately 12 petaFLOPS: greater than all projects running on the BOINC distributed computing platform​

قدرتی که طی تنها چند سال بدون هزینه برداری زیاد و زمان بردن و گرفتن فضا و ایجاد شده و بعد با قدرت 12 پتا فلاپ که یعنی بیشتر از نیمی قدرت پردازش ذهن یک انسان[nb]مغز بسیار از نظر پردازش قدرتمنده و بهش نرسیدیم و اما سرعت پایینی داره بدلیل ارتباطات شیمیایی که باعث میشه بعضا ماشین شکستش میده اما وقتی این قدرت به سیستم الکترونیکی داده میشه باور نکردنی میشه[/nb] رسیده و داره کار میکنه رو ببینی ازم نخواه که بگم 163 هزار سی پی یو خانگی ما ارزشی ندارند و احتیاجی بهشون وجود نداره[nb]اینام کلا برای اطلاعات بیشتر و اینا :د[/nb]، این یه مشارکت اجتماعیه که نتیجه ی اون رو از هر فعالیت تک نهادی عظیم تر میکنه، من در نهایت میگم که این یه کار داوطلبانس و اجباری در انجامش برای هیچ کس هم نیستش.

 

[baseri]

پاسخ : همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها در استنف

من هم از این کارا خیلی دوست دارم ولی الان فیلمش پلی نمیشه ...
و اینکه مشکلات کامپیوتری ایجاد نمیکنه؟؟؟

 

[August McJoseph]

پروژه شناسایی

فیلمش چون یه لینک از یوتیوب هست متاسفانه بدون پیلترشکن و اینا امکان پذیر نیست دیدنش، یادم رفته بود!
از نظر مشکلات هم میتونید اطمینان داشته باشید که مشکلی براتون ایجاد نخواهد کرد و از منبع بسیار موثق و معتبر و قابل اعتمادیست، به نوعی شما به اعتبار حدود دویست ساله ی یکی از دانشگاه های معتبر در سطح دنیا اعتماد خواهید کرد، و خودم هم از طریق منبع مورد اطمینان دیگه کلا باهش آشنا شدم، پیج رسمی پروفسور ریچاردز داوکینز Share کرده بودش، میتونید از این لحاظ مطمین باشید که یه دانشگاه با سابقه ی 200 ساله اعتبار خودش رو لکه دار نخواهد کرد.

در ضمن بهتره توی ویکی هم راجبش بخونید.

 

[August McJoseph]

همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها

خیلی علاقه داشتی بفهمیم یه اسکرین شات میگرفتی جناب فهیم خان ! :-&

خب زحمت یه کلیک روی لینک رو کشین دیگه اسکرین شات لازم نیست.

کلا من یه عذر خواهی بابت لحن بدهکارم که باید همینجا بکنم، این چند روزه اعصاب خورد بوده و پرخاشگرانه عمل کردم ، کلا هروقت میام پا سیستم مامانم کلی گیر بهم میده اینروزا و توی یه اضطراب و عجلم و از هرچیز که زیادی وقتمو بگیره عصبانی میشم، و چون از اینم خودم مطمئن بودم و اولش قصد نداشتم براش تاپیکی بزنم و صرفا تو بانگم باشه وبعد گیرایی که میدادید و وقتمو میگیرفت و خودتون سرچ نمیکردین و منم مجبور بودم چون تاپیک زدن بیام حتما جواب بدمو نمونه اعصاب خورد میکرد و بد حرف میزدم، عذر میخوام

+اینم تازه خبرش رو خوندم !

ویرایش جدید:

این همه پروژه‌ی بیوانفورماتیک توی سطح جهانی انجام شد، یا حتی پروژه‌های غیر زیستی. چه‌طور برای این پروژه‌ی خاص انقدر قدرت سی-پی-یو های مردم مهم شده؟ یعنی این چه فرقی با بقیه داره و برای کار به این بزرگی خب چرا بودجه‌ی بیشتر نمی‌ذارن؟ و آیا قبلا این کار برای پروژه‌های دیگه‌ای انجام شده؟

گویا پروژه مشابه وجود داره و توی پروژه یوانفورماتیک توی سطح جهانی اینکار جاهای دیگم انجام میشه. امروز به این برخوردم

Did you know you can help cure diseases, study global warming, discover pulsars, search for extraterrestrials, run particle acceleration simulations and help construct a 3-D map of the Milky Way (amongst MANY other things) without actively doing anything? Meet BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), an open source middleware system for volunteer and grid computing. The intent of BOINC is to make it possible for researchers in science, math, molecular biology, climatology and astrophysics to tap into the enormous processing power of personal computers around the world.

All you have to do is download the software at http://boinc.berkeley.edu/download.php

Your PC then gets a set of tasks from the project's scheduling server. The tasks depend on your PC: for example, the server won't give it tasks that requires more RAM than you have. Projects can support several applications, and the server may send you tasks from any of them. Your PC downloads executable and input files from the project's data server. If the project releases new versions of its applications, the executable files are downloaded automatically to your PC. Your PC runs the application programs, producing output files. Your PC uploads the output files to the data server. Later (up to several days later, depending on your preferences) your PC reports the completed tasks to the scheduling server, and gets new tasks. This cycle is repeated indefinitely. BOINC does this all automatically; you don't have to do anything.

To ensure that credit is granted fairly, most BOINC projects work as follows:

- Each task may be sent to two computers.
- When a computer reports a result, it claims a certain amount of credit, based on how much CPU time was used.
- When at least two results have been returned, the server compares them. If the results agree, then users are granted the smaller of the claimed credits.

You can also choose to participate in researching the subjects that mean the most to you. For more information on this incredible project that's largely ran by volunteers like YOU, Check out the official website at: http://boinc.berkeley.edu/

Make sure you pass this on to like-minded people.​

از :

http://www.facebook.com/AllScienceAllTheTime

 

[farshidGCD]

پاسخ : همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها در استنف

معصومه؛ ماجرا سر پوله، زیاد به کردیت و اینا ربطی نداره (نمیگم اصلا نداره، ولی موضوع اصلی سر پوله)
اصولا بودجه تحقیقاتی روی موضوعات پراکنده[nb]مثل دیکد کردن پروتئین ها، که نه زمان مشخص داره و نه کاربرد مشخص، فقط باید دیکد بشه که بعدا ببینن به چه درد میخوره[/nb] زیاد بالا نیست
از طرفی هم درسته که اجاره ابرکامپیوتر راحت و ارزونه (نسبتا) اما یکی همین مساله مشخص نبودن زمان و اینهاست، یکی هم این که بالاخره یک چیز مجانی خیلی بهتر از یک چیزیه که خیلی از پول بودجه رو میبلعه و نتیجش هم نامشخصه

به عبارت دیگه یه حجم عظیم اطلاعات داریم که نمیدونیم چقدر هست، نمیدونیم چه مدت طول می کشه تا همش دیکد بشه، و مهمتر از همه نمیدونیم به چه دردمون میخوره
پس بجای این که الکی بودجه تحقیقاتی رو صرفش کنیم، میدیم مردم رو کامپیوتراشون انجام بدن، بهشون یه مقدار پوینت هم میدیم (که من بعد از اینهمه وقت هنوز نفهمیدم به چه درد میخوره) که دلشون خوش بشه

و آیا کمک عظیمی به علم هست؟ واقعیت اینه که اگه در آینده اینها به دردی هم بخورن، تاثیر ما توی انجامشون صرفا در حد اثر چریدن یک عدد بز روی نابود شدن پوشش گیاهی یک چمنزار بزرگه
ولی خب من صرفا بخاطر این که به نظرم کار جالبیه خیلی وقته که انجامش میدم، نه کامپیوتر قبلیم منفجر شد و نه لپ تاپ فعلیم
اگه کسی میخواد انجام بده و خیلی نگران CPU و گرافیکش هست، توی کنترل پنل برنامه 5 سطح استفاده هست که idle light ـش درحد باز بودن یک تب سمپادیا بیشتر منابع مصرف نمی کنه

 

[happiestchemist]

پاسخ : همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین ها در استنف

مشکل من میدونی چی بود؟
این که به جز صفحه ای که فیلم رو نشون میده و ویکی پدیا هیچ چیز دیگه ای نبود؟
مثلا همین خبری که ازش منتشر شد...خیلی خوب ادم اعتماد میکنه..ولی وقتی فقط یه صفحه هست..نه!
یه چنین کاری حتما خیلی سرو صدا خواهد داشت وقتی ببینی خبری نیست شک میکنی خوب..

 

[August McJoseph]

همکاری عمومی پروژه ی شناسایی پروتئین

مشکل من میدونی چی بود؟
این که به جز صفحه ای که فیلم رو نشون میده و ویکی پدیا هیچ چیز دیگه ای نبود؟
مثلا همین خبری که ازش منتشر شد...خیلی خوب ادم اعتماد میکنه..ولی وقتی فقط یه صفحه هست..نه!
یه چنین کاری حتما خیلی سرو صدا خواهد داشت وقتی ببینی خبری نیست شک میکنی خوب..

مجموع صفحات و ارچجعاتی که فقط از پستام توی این تاپیک میشه در آورد[nb]باور کنید که من هم نماینده ی رسمی استانفورد نبودم و منم سرچ میکردم تا پیدا کنم ، همین.[/nb]
http://folding.stanford.edu/ صفحه ی رسمی مشارکت عمومی که بلاگی از سایت دانشگاه استانفورد هستش.
http://en.wikipedia.org/wiki/Folding@home صفحه ی مربوط به پروژه بر روی ویکی:
. در بخش References بیش از 190 ارجاع کعه شامل صفحات سایت های معتبر ، قمست های مربوط به پروژه از وبسایت رسمی دانشگاه استنفورد، کتاب ها، و مقالاتی بر روی مجلات معتبری( مثل : Journal of the American Chemical Society،Nature،Science و .... ) بودند.
. در بخش External links هم میتونستید به چند صفحه ی دیگه مثل http://folding.stanford.edu/English/Stats و http://folding.stanford.edu/English/Papers که قسمت های دیگه مربوط به همین پروژه بودن برید.
http://folding.stanford.edu/English/About این صفحه که میتونید اطلاعات کاملی رو راجبش بدست بیارید.
# نتیجه ی سرچ نام پروژه توی وبسایت رسمی استانفورد که بالغ بر 10 صفحه نتیجه و لینک بود.