ر میان نظرات متفاوت، بعضی فقهای شیعه شخصیت بایزید را مورد انتقاد قرار دادهاند از متقدمین کسی چون
مقدس اردبیلی قائل به اعتقاد متصوفه از جمله بایزید به
حلول یا
اتحاد بوده و از متأخرین
سید ابوالقاسم خوئی که وی را قائل به
وحدت وجود و موجود دانسته، ایندو بر وی طعن وارد نمودهاند. همچنین فقهایی چون
لطفالله صافی گلپایگانی با توجیه ناپذیر و تأویل ناپذیر بودن سخنان بایزید و
سید صادق شیرازی که به نقل
حر عاملی آورده وی مورد سرزنش مکرر
محمد تقی نهمین شیعیان، قرار گرفتهاست و
سید محمدباقر شیرازی که با مخالف شرع دانستن همایش برای وی و
میرزا یدالله دوزدوزانی با این نقل که وی یک عمر منحرف بوده و اواخر عمر به واسطهٔ
جعفر صادق ششمین شیعیان، مستبصر شدهاست مخالفت خود را با همایش درنظرگرفته برای تجلیل از بایزید در شاهرود طی اعلامیههایی ابراز داشتند.
مکارم شیرازی معتقد است برخی از شطحیات بایزید بر اعتقاد او به حلول و اتحاد دلالت دارد.

محراب خانقاه
در اظهاراتی متفاوت با دیگر فقهای شیعه در تجلیل بایزید، یکی آنکه به نقل
مجلسی اول در کتاب اصول فصول التوضیح، استاد وی
شیخ بهایی قائل به زیارت قبر بایزید بوده و خود، قبر وی را زیارت کردهاست.
خامنهای در سفر خود به شاهرود با اشاره به شخصیت بایزید ابراز داشته بود: «نام بایزید بسطامی و ابوالحسن خرقانی را همهٔ مسلمانان و مرتبطین با معارف اسلام - ولو غیرمسلمان - شنیدهاید. البته امثال بایزید بسطامی و ابوالحسن خرقانی را با این مدعیان صوفیگری نباید اشتباه کرد. آنها داستان دیگری دارند و ماجرا و سخن دیگری است.» در تبیینی
بهجت شَطَحیّات اینگونه شخصیتها از جمله بایزید را قابل تأویل دانستهاست و تکفیر آنها را روا ندانسته در عین حال متابعت معصومین را شرط و موافقت با آنها را ملاک دانستهاست. همچنین در تلمیذات علامه سید محمدحسین طهرانی با علامه سید محمد حسین طباطبائی (کتاب مهر تابان) علامه طباطبائی، بایزید بسطامی را صاحب مقام حال فنا فی الله میداند

سنگ قبر بایزید
در نگاه صوفیان و بزرگان
بایزید بسطامی بیش از دیگران دارای شهرت و اهمیت بوده و رفتار و گفتارش در همهٔ مردان راه حق تأثیر کردهاست، به این جهت داستانها و سخنان او بیش از هر
صوفی و عارفی در کتب صوفیه و عرفا آمدهاست و مخصوصاً در آثار منظوم عرفانی مانند آثار
عطار و
مثنوی مولوی بیشتر جلوهگر است.
فریدالدین عطار در
تذکره الاولیا ۵۶ صفحه به ذکر شرح حال و اقوال بایزید اختصاص داده و این مقدار تفصیل دربارهٔ صوفی و عارفی دیگر در آن کتاب به نظر نمیرسد. عطار در آغاز شرح حال او مینویسد:

تزئینات صحن آرامگاه
«آن خلیفهٔ الهی، آن دَعامهٔ نامتناهی، آن سلطان العارفین، آن حجة الحق اجمعین، آن پُختهٔ جهانِ ناکامی، شیخ بایزید بسطامی- رحمة الله علیه. اکبر مشایخ بود، و حجت خدای بود، و خلیفهٔ بحق بود، و قطب عالم بود، و مرجع اوتاد؛ و ریاضات و کرامات و حالات و کلمات او را اندازه نبود؛ و در اسرار و حقایق نظری نافذ و جدی بلیغ داشت؛ و دایم در مقام و هیبت بود، غرقهٔ انس و محبّت بود، و پیوسته تن در مجاهده و دل در مشاهده داشت؛ و روایات او در احادیث عالی بود و پیش از او کسی را در معانی طریقت چندان استنباط نبود که او را…».
نقل است که چون مادر او را به
مکتب فرستاد، در
سورهٔ لقمان به این آیت رسید: «أنِ اشکُرلی و لِواِلدَیکَ» یعنی شکر گوی مرا و شکر گوی مادر و پدر را چون معنی این آیه بدانست نزد مادر رفت و گفت:

مقبره بایزید بسطامی
«در دو خانه کدخدایی چون کنم، یا از خدا در خواه تا همه آن تو باشم یا مرا به خدابخش تا همه آن او باشم مادر گفت: تو را در کار خدا کردم و حق خود به تو بخشیدم».
پس بایزید از بسطام بیرون رفت و سی سال در
شام و
شامات میگشت و ریاضت میکشید.
جنید بغدادی در مورد او میگوید:
«بایزید در میان ما چون جبریل است در میان ملایکه».
جواد نوربخش: «بایزید بسطامی که به حق او را باید سلطان العارفین گفت، یکی از پیشتازان تصوف و عرفان است. او در حالی که از توحید سخن میگوید، با مطرح ساختن عشق الهی، مردم را به محبّت به دیگران و دوست داشتن همهٔ آفریدگان خدا تشویق میکند. بایزید مکتب انسانیّت را تحت لوای عرفان در زمانی شروع کرد که مبارزهٔ فرهنگ بیگانه، خاطر ایرانیان را نگران ساخته بود. او با سخنان بدیع خود
فرهنگ ایرانی را از دستبرد اجانب دور نگهداشت.»
شیخ اشراق گوید (به نقل از مجموعه مصنفات
شیخ اشراق - جلد ۳): بایزید و حلاج از اصحاب تجرید بودند و اقمار آسمان توحید. چون دلهای آنان به نور پروردگارشان روشن شد، راز آشکار نهانی را فاش کردند و خداوند که همه چیز را به گفتن واداشته، آنها را به گفتن آورد. حق بر زبان اولیای خدا به سخن میآید.
ابوالحسن خرقانی (به نقل از احوال و اقوال خرقانی): روزی شیخ ابوالحسن خرقانی شاگردی را گفت: چه بهتر بودی؟ شاگرد گفت: ندانم. گفت: جهان پر از مرد همه همچون بایزید.
روزبهان بقلی (به نقل از شرح شطحیات): سیاح بحر تجرید طیرِ و کر تفرید، صلصل مست توحید، طیفور بن عیسی بایزید بسطامی، او بود که کراماتش چون آفتاب پیدا بود. امروز از آن پیداتر، در هوا بپریدی، و پای به نهر بلخ باز آن سوی نهادی بی کشتی